操作マニュアル

1. アカウント設定

頂いたメールアドレスにパスワード再設定メールをお送りいたしますので、記載のリンクよりパスワードを設定し、ログインしてください。

2. 解析前処理

お手持ちのRawデータから、SNAで類似度計算・構造解析を行うためのスペクトルファイルを生成します。

スペクトルファイルがお手元にある場合は、にお進みください。

保持時間 - m/z 平面上に現れるピーク (Feature) の検出を行い、MS/MSスペクトルをFeatureに紐づけて、MSP形式で出力します。
DDA / DIA のいずれのモードでも、処理可能です。

2-1. ファイルアップロード

こちらからRawデータをアップロードします。

※ mzml形式のファイルをアップロードいただけます。

2-2. 解析前処理

こちらから解析前処理を開始します。

アップロードしたRawデータから、解析前処理を実行したいRawデータを選択し、「Submit」ボタンをクリックしてください。

複数のRawデータを選択すると、別々のタスクとして処理されます。

例えば、3つのRawデータを選択すると解析前処理の回数は3回とカウントされますので、ご注意ください。

3通りのパラメータを自動で決定し、Feature検出を行います。

・ Loose: ピークの検出数が多くなるが、ノイズも多くなる。

・ Strict: ピークの検出数が少なくなり、ノイズも少なくなる。

・ Balanced: LooseとStrictの中間のパラメータ

2-3. スペクトルファイルのダウンロード

こちらで処理タスクの一覧を確認できます。
各タスクのIDから詳細ページに進み、スペクトルファイルをダウンロードできます。

3. ファイルアップロード

こちらからスペクトルファイルをアップロードする。

アップロードできるのはmgf、msp、json、mzml、mzxml形式のファイルです。

3-1. MGF

1つのスペクトルはBEGIN IONSとEND IONSで囲まれたブロックで表されます。

ブロックはメタデータとピークリストの2つのセクションから成ります。

メタデータ

メタデータはキーと値のペアで、「キー=値」の形式で記述します。必須のキーは「PRECURSOR_MZ」です。(EIスペクトルの場合は必要ありません。)「RETENTION_TIME」に使える単位は min / s / ms / h です。単位がない場合は、秒の単位として扱われます。

ピークリスト

m/zとその強度をスペースで区切って記述します。

BEGIN IONS

メタデータ

55.0543 42.5

212.072 100.0

228.1024 47.9

324.1602 18.0

ピークリスト

END IONS

スペクトルブロック

BEGIN IONS

NAME=Feature 2

PRECURSOR_MZ=166.1233

RETENTION_TIME=476.0

91.0549 83.1

115.0549 100.0

132.0814 47.0

166.1233 2.5

END IONS

3-2. MSP

各スペクトルブロックは空行によって区切られます。

ブロックはメタデータとピークリストの2つのセクションから成ります。

メタデータ

メタデータはキーと値のペアで、「キー: 値」の形式で記述します。必須のキーは「PRECURSOR_MZ」と「NUM PEAKS」です。(EIスペクトルの場合、「PRECURSOR_MZ」は必要ありません。)「RETENTION_TIME」に使える単位は min / s / ms / h です。単位がない場合は、秒の単位として扱われます。

ピークリスト

m/zとその強度をスペース、タブ、またはコンマで区切って記述します。

メタデータ

55.0543 42.5

212.072 100.0

228.1024 47.9

324.1602 18.0

ピークリスト

スペクトルブロック

NAME: Feature 2

PRECURSOR_MZ: 166.1233

RETENTION_TIME: 476.0

NUM PEAKS: 4

91.0549 83.1

115.0549 100.0

132.0814 47.0

166.1233 2.5

3-3. JSON

各スペクトルは辞書で表され、リストに格納されます。

各スペクトルはメタデータとピークリストを含みます。

メタデータ

必須のキーは「PRECURSOR_MZ」です。(EIスペクトルの場合は必要ありません。)「RETENTION_TIME」に使える単位は min / s / ms / h です。単位がない場合は、秒の単位として扱われます。

ピークリスト

キーは「peaks_json」、値は「m/zと強度のリスト」のリストです。

[

{

メタデータ

"peaks_json": [

[55.0543,42.5],

[212.072,100.0],

[228.1024,47.9],

[324.1602,18.0]

ピークリスト

スペクトルブロック

{

"name": "Feature 2",

"precursor_mz": "166.1233",

"retention_time": "476.0",

"peaks_json": [

[91.0549,83.1],

[115.0549,100.0],

[132.0814,47.0],

[166.1233,2.5]

]

3-4. MZML

XMLベースのデータ構造で、各スペクトルは<spectrum>タグで定義されます。

「ms level」は2である必要があります。ESIスペクトルの場合は、「precursorMz」または「selected ion m/z」でプリカーサーイオンのm/zを指定する必要があります。保持時間は「retentionTime」で指定でき、min / s / ms / hの単位を使用できます。

<?xml version="1.0" encoding="utf-8"?>

︙

</selectedIon>

</selectedIonList>

</activation>

</precursor>

</precursorList>

<binary>eJybZR7jlC8U4mwuleLcKLLIGQAqxAT6</binary>

</binaryDataArray>

<binary>eJxjYNByYmA44TRrpj2QnuAIABz8A/w=</binary>

</binaryDataArray>

</binaryDataArrayList>

</spectrum>

</spectrumList>

</mzML>

︙

3-5. MZXML

XMLベースのデータ構造で、各スペクトルは<scan>タグで定義されます。

「msLevel」は2である必要があります。ESIスペクトルの場合は、「precursorMz」でプリカーサーイオンのm/zを指定する必要があります。保持時間は「retentionTime」で指定でき、min / s / ms / hの単位を使用できます。

<?xml version="1.0" encoding="ISO-8859-1"?>

︙

<scan num="218"

msLevel="2"

peaksCount="4"

polarity="-"

scanType="Full"

retentionTime="612"

collisionEnergy="0"

lowMz="55.0543"

highMz="324.1602"

basePeakMz="212.072"

basePeakIntensity="100"

totIonCurrent="208.4">

<peaks precision="32"

byteOrder="network"

pairOrder="m/z-int">Qlw3mkIqAABDVBJvQsgAAENkGjdCP5maQ6IUgUGQAAA=</peaks>

</scan>

︙

</mzXML>

4. スペクトル類似度計算

こちらからスペクトル類似度計算ページにアクセスする。

アップロードしたファイルから、解析したいサンプルファイルを選択し、「Add」ボタンをクリックする。

サンプルファイルのデータセットを指定し、「Calculation Scope」を選択する。

• Intra sample calculationを有効にした場合、同じサンプルデータセット内のスペクトル間で類似度計算を行います。

• Inter sample calculationを有効にした場合、異なるサンプルデータセット間でスペクトルの類似度計算を行います。

• Sample vs. reference calculationを有効にした場合、アプリ内のデータベースに登録されているリファレンスとサンプル間でスペクトルの類似度計算を行います。構造解析を行う場合はこちらを有効にする必要があります。

以下のパラメータ設定します。

• Ionization: 「ESI」または「EI」を選択します。

• Ion mode: 「Positive」または「Negative」を選択します。

• Mass tolerance: 「Low resolution」または「High resolution」を選択します。 IonizationでESIを選択した場合は、「Low resolution」では最大0.1 m/zの誤差まで許容され、EIの場合は1 m/zの誤差まで許容されます。「High resolution」はESIでのみ選択可能で、最大0.01 m/zの誤差まで許容されます。

• Score threshold: 0.8にした場合、スコアが0.8以上のスペクトルペアのみ保存され、構造解析に使用できます。 0.5 - 1の範囲を入力できます。

• Minimum number of peak matches: 3にした場合、マッチしたピーク数が3以上のスペクトルペアのみ保存され、構造解析に使用できます。

5. 構造解析

こちらから構造解析ページにアクセスし、以下のパラメータを設定する。

• Spectral network generator task: 類似度計算タスクのIDを選択します。タスクIDはこちらから確認できます。

• Score threshold: 類似度スコアの最小値。0.8にした場合、スコアが0.8以上のスペクトルペアが構造解析に使用されます。 0.5 - 1の範囲を入力できます。

• Minimum number of peak matches: マッチしたピーク数の最小値。3にした場合、マッチしたピーク数が3以上のスペクトルペアが構造解析に使用されます。

• Network radius: 構造解析では、類似するスペクトル同士はエッジで繋がれネットワークを形成します。「Network radius」は中心スペクトルからの最大距離を指定します。つまり、1にした場合、サンプルスペクトルに「類似するスペクトル」が構造解析に使用されます。2にした場合、「類似するスペクトル」及び『「類似するスペクトル」に類似するスペクトル』が使用されます。